Hệ sinh thái cỏ biển của Vịnh nước công viên Trường Sa có tính đa dạng cao với sự phân bố của các loài cỏ biển, rong biển đặc trưng cho vùng biển nhiệt đới. Các công trình nghiên cứu gần đây đã xác định thảm cỏ Halophila sp. tìm thấy trong vịnh biển là thảm cỏ biển duy nhất đại diện của vùng biển Thái bình dương, có ý nghĩa quan trọng về đa dạng sinh học đối với thế giới. Đặc biệt, trong hệ sinh thái cỏ biển này, có mặt của loài cỏ Xoan Enhalus acoroides – là loài đang bị de dọa, trong sách đỏ của Liên minh Bảo tồn Thiên nhiên Quốc tế (IUCN). Quần thể cỏ Xoan này cần được duy trì và bảo vệ nghiêm ngặt để phục vụ cho công tác bảo tồn nguồn gen cỏ biển, và phục vụ cho việc nghiên cứu khoa học biển. Hướng nghiên cứu này đã được các nhà khoa học Viện Hải dương học phối hợp với các đối tác Cộng hoà Liên bang Đức quan tâm từ nhiều năm nay. Các kết quả nghiên cứu này được cộng đồng khoa học quốc tế ghi nhận thông qua các công trình công bố trên các tạp chí khoa học quốc tế chuyên ngành.