Các thiết bị được đầu tư trong hệ thống bể nuôi này khá hiện đại với các bể kính cường lực cao nhập ngoại, hệ thống lọc tách bọt (protein skimmer) tuần hoàn tự động, hệ thống lọc cát, lọc sinh học, máy sục khí luân phiên, máy sục ozone và hệ thống đèn UV khử trùng. Đặc biệt, các bể nuôi này có quy mô lớn, khác hẳn với một số quy mô phòng thí nghiệm trong các nghiên cứu của Viện từ trước đến nay. Các bể nuôi lắp đặt, vận hành và đưa vào hoạt động bao gồm 04 bể nuôi có hình dạng và bố cục tương thích với không gian và theo hình dạng, kích thước của đường hầm, bao gồm 02 bể áp tường 98 m3 và 55 m3, 01 bể bán nguyệt 15 m3 và 01 bể vòm 165 m3.
Tuy nhiên, đường hầm được người Pháp đào xuyên qua núi cách đây gần 100 năm với mục đích để vận chuyển hàng bằng các xe goong nên khá thấp và hẹp – đây chính là thách thức đối với đội ngũ cán bộ khoa học và kỹ thuật viên của Viện Hải dương học trong công tác thiết kế, lắp đặt và vận hành tổ hợp các bể nuôi này. Phía trên cùng của hầm được tận dụng cải tạo lại để phục vụ công tác vận hành, giám sát kỹ thuật. Mặt khác, do hầm có địa thế khá thấp, ít thông khí, khó thoát nước dễ bị ngập lụt nhất là vào thời kỳ mưa bão hàng năm… nên đòi hỏi bổ sung kỹ thuật và thiết bị cũng như cải tạo lại một số hạng mục hạ tầng để bảo đảm khả năng thoát nước, điều nhiệt và hành lang giao thông phù hợp với quy chuẩn phòng cháy chữa cháy, đảm bảo an toàn cho khách tham quan, sinh vật nuôi và các tài sản, thiết bị.